
En las profundidades de las montañas Ararat de Turquía, una organización secreta conocida como ARCAM ha encontrado lo que se cree que es el Arca de Noé. Sin embargo, el Cuerpo de Maquinaria de los Estados Unidos, una organización rebelde del Pentágono, quiere apoderarse del Arca como medio de supremacía mundial. Sólo un operativo especial de ARCAM conocido como Spriggan se interpone en su camino. El Spriggan japonés Yu Ominae forma equipo con el Spriggan francés Jean-Jacques Mondo para combatir a los miembros del Cuerpo de Máquinas de los Estados Unidos, liderados por el Coronel MacDougall, un chico mejorado genéticamente con mortales poderes psiónicos. Sin embargo, deben actuar con rapidez y detener a MacDougall antes de que utilice el Arca para sus propios fines.